Bioinformatika a výpočetní biologie (BIN)
Karel Berka
Obsah přednášky
Portal UP
Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází.
V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému.
Učební materiály
Prezentace
starší přednášky
Cvičení
- Sekvence - FASTA formát, restrikční analýza, BLAST, StringDB (Berka, ver. 2018)
- Vyhledávání v databázi NCBI Entrez (Berka, ver. 2018)
- Analýza lidského genomu - Ensembl (Berka, ver. 2018)
- Inzulin v proteinových databázích - Human Protein Atlas, Uniprot (Berka, ver. 2018)
- Informace o léčivech - Drugbank (Berka, ver. 2018)
- Fylogenetická analýza ... (Paloncýová, ver. 2013)
Užitečné odkazy
Infrastruktura ELIXIR-CZ
Nástroje
Databáze
Další zdroje
Whole Cell Simulation - Paper
Film Harvardské univerzity - The Inner life of cell (EN)
Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází.
V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému.