Bioinformatika a výpočetní biologie (BIN)
Přednášející a cvičící:
Karel Berka
Obsah přednášky
Portal UP
Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází.
V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému.
Ukončení předmětu
Zápočet - vyřešených 10 příkladů z
ROSALIND
Zkouška - medián hodnocení ze 3 otázek + A za každých dalších 10 vyřešených příkladů z
ROSALIND
Učební materiály
Prezentace
- Úvod do bioinformatiky a výpočetní biologie (Berka, ver. 2016) ... (Berka, ver. 2010)
- Biologické sekvence (Berka, ver.2016) ... (Berka, ver. 2010)
- Porovnávání biologických sekvencí (alignment) ... (Berka, ver. 2011)
- Molekulárně biologické databáze ... (Berka, ver. 2011)
- Predikce genů ... (Berka, ver. 2013)
- Fylogenetická analýza, evoluční stromy ... (Berka, Paloncýová, ver. 2013)
- Systémová biologie - analýza buněčných drah, simulace buněčných dějů ... (Berka, ver. 2013)
- Genom ... (Berka, ver. 2014)
Cvičení
Další zdroje
Whole Cell Simulation - Paper
Film Harvardské univerzity - The Inner life of cell (EN)
Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází.
V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému.